Trong chương 425, Kakashi đã chết khi anh sử dụng Kamui (Doujutsu của Mangekyou Sharingan chuyển đổi một vật thể sang không gian khác) để cứu Chouji khi chiến đấu với 1 cơ thể của Pain(Nagato). Việc tiêu tốn lượng lớn Chakra làm anh bị kiệt sức nặng nhưng đây là việc cuối cùng anh làm được cho làng Lá để Chouji có thẻ trở về trình báo cho Tsunade - Hokage đệ ngũ, về bí mật của Pain.

Sau khi chết, Kakashi đi vào một vùng không gian đen thăm thẳm. Ở đó anh nhìn thấy một người đàn ông ngồi bên đống lửa. Đó chính là cha anh, Hatake Sakumo. Kakashi đã ngồi xuống nói chuyện với cha và kể lại câu chuyện đời anh. Nghe xong câu chuyện, cha anh rất tự hào vì có được người con như anh, nhưng cũng rất tiếc là anh cũng đã phải chịu nhiều rắc rối và 2 cha con đều chết trẻ, mặc dù không chết trẻ bằng mẹ anh. Kakashi cũng đáp lại là anh hiểu, đồng thời tha thứ cho hành động tự sát của cha anh khiến anh phải sống trong 1 tuổi thơ đơn côi và nói: "Con rất tự hào về cha".Đúng lúc đó, thuật "Ngoại Đạo Luân Hồi Thiên Sinh" của Nagato đến được Kakashi và giúp anh hồi sinh. Trước khi Kakashi trở lại dương gian, cha anh cảm ơn anh vì đã tha thứ cho ông, cuối cùng thì ông cũng thanh thản đi về thế giới bên kia gặp mẹ anh. Sau trận chiến, Kakashi cùng với Naruto và Yamato lên đường tìm kiếm Sasuke. Anh đã chiến đấu với Sasuke và suýt bị giết chết bởi thuật Susanoo nếu không kịp sử dụng Kamui. Sakura đột ngột xuất hiện đâm lén Sasuke từ phía sau, nhưng bị Sasuke phát hiện và định giết. Một lát sau, Naruto xuất hiện cứu Sakura khỏi Sasuke. Khi trở về, Kakashi được đề cử làm Hokage đệ lục. Nhưng Tsunade đã hồi tỉnh và giữ vị trí đó. Trong cuộc đại chiến Ninja, Kakashi làm tướng quân sư đoàn 3. Trước đó, Kakashi Hatake và Obito Uchiha là bạn bè thuộc cùng một nhóm genin dưới sự dìu dắt của Hokage đệ Tứ. Họ đã chiến đấu bên cạnh nhau khá nhiều lần và bộ đôi này đóng góp chính trong cuộc đại chiến thế giới chiến lần thứ tư khi họ giúp Sasuke Uchiha và Uzumaki Naruto trong trận chiến chống lại Kaguya Otsutsuki. Đây là một bộ đôi rất mạnh mẽ nhờ vào kinh nghiệm và kỹ thuật mạnh mẽ của họ.